『FINAL FANTASY VII』の物語から遡ること7年。
魔晄都市「ミッドガル」にある強力な軍事力と影響力を持つ「神羅カンパニー」。神羅には強力な戦闘能力を持つ兵士の組織「ソルジャー」があり、そこにはソルジャー・クラス2ndのザックスが所属していた。 ザックスは先輩のソルジャー・クラス1stのアンジール、英雄としてその名を世界にとどろかせていたセフィロスと共に「ソルジャー大量失踪事件」を調査することになる。